北京儿童医院新疆医院前身为新疆交通医院，始建于1984年。2016年，自治区党委、政府整合区内优质儿科医疗资源，将我院规划建设为儿童专科医院，成立并挂牌“新疆维吾尔自治区儿童医院”。2019年，为贯彻落实党中央、国务院关于建设国家区域医疗中心的决策部署，自治区人民政府与首都医科大学附属北京儿童医院经友好协商签订合作协议，合作共建国家儿童区域医疗中心，北京儿童医院全面托管我院并挂牌“北京儿童医院新疆医院”、“国家儿童区域医疗中心”。在上级党委、政府的全面支持下，医院已发展成为一所集医疗、教学、科研、预防保健于一体的三级儿童专科医院。医院占地面积2.66万㎡，建筑面积5.84万㎡。开放床位579张，年门诊量23.19万人次、出院患者1.43万人次，手术4632例。 医院现有临床科室23个（其中内系科室14个、外系科室9个），医技科室8个，儿研所1个。截至2022年12月，在职职工904人，其中医师241人，护士399人，技师73人，药师26人。正高级职称40人，副高级职称72人，中级职称243人，博士及硕士115人。 在儿科疑难危重症救治方面，已建立成熟的急救、危重症、神经、血液、心血管、风湿免疫、呼吸、内分泌、儿保等专科，在疆内率先开展癫痫的规范化诊断及治疗、流式细胞学检查、儿童PICC置管技术、肾脏活检病理诊断等多项诊断及治疗技术，危重症救治能力强，抢救成功率高达95%以上。积极开展小儿腔镜微创手术，微创治疗腔内疾病达90％以上，治愈率达90%以上，使原有的开放手术模式逐渐向腔镜微创手术模式过渡。其中胆总管囊肿、胆道闭锁、肝叶切除、纵隔肿瘤、肾盂输尿管成形、膀胱输尿管再植等小儿微创手术以及泌尿系结石内窥镜诊治填补了疆内多项空白。2008年，在全疆范围内率先开展危重新生儿转运工作，分别前往博州、巴州、和田地区、阿克苏地区、吐鲁番地区、石河子、昌吉等20多家医院转运，共转运800余名危重新生儿，最远距离3060公里，成功转运最小孕周24周600g新生儿，无一例死亡，危重新生儿转运救治等方面居全疆领先水平。 医院坚持区域性合作，战略性发展思路，构建新疆儿科分级诊疗体系，建设国家儿童区域医疗中心，是新疆儿科医联体牵头单位、儿科疑难危重专科联盟、新疆新生儿专科联盟的主体单位、中国新生儿神经重症监护联盟单位、全疆危重新生儿转运救治中心。 医院是国家、自治区儿科专业住院医师规范化培训基地、儿科医师转岗培训基地、县级骨干医师培训基地、国家级小儿外科专科医师培训基地、新生儿围产期医学专科培训基地，是新疆医科大学和石河子大学医学院临床教学医院、研究生导师单位。拥有全疆唯一一家儿科研究所，系自治区儿科研究所，在儿科临床医学科学研究方面，尤其在围产期母婴TORCH感染、麻疹感染流行和免疫问题研究、疱疹病毒8型感染的研究、呼吸道感染病原学筛查及其相关基因分析研究等领域处于我国相关研究领域前列。 医院规划总床位800张，其中规划新增400张，开放床位已达579张，完成率72.38%。规划总编制人数590人，其中规划新增300人，编制人数已增至420人，完成率71.2%。 在自治区人民政府和北京儿童医院的全面支持下,医院规模及质量呈现快速发展态势。 2022年5月，我院诊治0-6岁的患者其诊察、护理、治疗和手术等医疗服务项目加收30%政策正式实施；新增一氧化氮吸入治疗、新生儿混合氧治疗、人工辅助通便等3项医疗服务价格项目，填补自治区医疗服务价格目录空白，为进一步提升医疗运营成效及服务质量奠定基础。 加强学科建设，坚持“强优势、补短板”发展策略，持续推进学科建设。保持儿科、儿外科、新生儿科的发展优势，增强医院重点学科能力，充分挖掘潜力、释放能量。将北京专家支援与弱势学科建设紧密结合，按照先门诊、后病房的步骤，努力补齐学科建设短板。经过不懈努力，耳鼻喉专业已初具规模，眼科已进入建设初期，呼吸专业发展壮大独立成科，目前，医院已开设儿内、儿外等23个临床科室、开展35个学科的诊疗工作。 协同发展，提升科研教学水平。发挥北京儿童医院科研优势，坚持协同发展，合理共享资源，科研工作呈现新面貌。医院被批准注册为国家自然科学基金依托单位，获批科研项目29项（其中国家自然科学基金项目2项）、省级科学技术奖二等奖1项、三等奖2项、新疆医学科技奖二等奖1项。组织开展研究生导师遴选和孵化工作，新增研究生导师6人。